Музей-архив Менделеева расположен на первом этаже здания Двенадцати коллегий, в помещении, которое с 1860 по 1890 год было квартирой учёного. Последние 17 лет жизни он провел не в этой квартире, но с этим местом связано многое: тут Дмитрий Иванович написал «Основы химии», выполнил работы по экономике, промышленности, сопротивлению жидкостей, физике газов и, конечно же, открыл всем известную Периодическую систему. Поэтому именно здесь 21 декабря 1911 года, благодаря стараниям отечественных учёных и родственников Менделеева, был открыт мемориальный кабинет. Однако, как известно, химик скончался 20 января 1907 года. Куда же пропали эти несколько лет? Сразу же после смерти Дмитрия Ивановича его друзья, коллеги и ученики загорелись идеей сохранить все труды и приборы великого учёного. Эту мысль озвучили на заседаниях Отделения химии Русского физико-химического общества (РФХО), где позже возникло предложение о созыве Менделеевского съезда. В ходе первого такого съезда организовали выставку бюстов, портретов, медалей и дипломов учёного, а на заключительном заседании приняли решение о создании особого учреждения с рабочим названием «Менделеевский институт». Предполагалось, что там будет действовать научный центр, где заработает лаборатория для экспериментов в области физики и химии. Конечно, участники съезда не забывали и об идее сохранения документов, поэтому планировалось также открытие в университете мемориального музея. Возникает вопрос: почему столь хорошая идея так и не воплотилась в жизнь? По замыслу участников съезда, Менделеевский институт должны были организовать с минимальной поддержкой государства, опираясь на пожертвования организаций и частных лиц. Нужную сумму так и не собрали. Хоть институт открыть не удалось, идею создания мемориального кабинета не забросили, и члены отделения химии РФХО в течение следующих 4 лет трудились над этим. Дмитрий Иванович сам во многом облегчил работу своим коллегам: ещё при жизни он стремился сохранить и как-то систематизировать свои дневники, черновики и переписки. Получается, что учёный своими же руками формировал первичный фонд музея, который в будущем стал носить его имя. Именно благодаря этому факту структура архива систематизирована так, как этого пожелал сам Менделеев. Обстановку рабочего кабинета и личные вещи Дмитрия Ивановича бережно хранили его вдова, Анна Ивановна, и дети от второго брака.

В феврале 1908 года Николаем II был издан указ, согласно которому отделение химии РФХО получило разрешение на сбор денежных средств для учреждения «особого учебно-вспомогательного заведения». Большую роль в создании музея сыграл Пётр Аркадьевич Столыпин, который в это время был председателем Совета министров. Будучи студентом, он слушал лекции Менделеева, и теперь, помня заслуги учёного, инициировал разговор с Владимиром Николаевичем Коковцевым (министром финансов) и настоял на распределении средств на нужды РФХО. Однако общество не особо стремилось финансово поддержать создание музея. Между тем к середине 1909 года вопрос о покупке кабинета встал наиболее остро. Дело в том, что к вдове Дмитрия Ивановича поступало множество выгодных предложений: находились и русские, и иностранные покупатели, мечтающие завладеть вещами и библиотекой учёного. На одно из таких предложений Анна Ивановна, находившаяся после смерти мужа в трудном финансовом положении, в итоге согласилась. Когда дело оставалось лишь за решением некоторых бюрократических вопросов, ученики и коллеги Менделеева, боясь лишиться уникального наследия, вновь активизировались. Таким образом, 30 октября 1909 года в физико-математический факультет университета поступило предложение о покупке библиотеки и кабинета Дмитрия Ивановича и об открытии в университетских стенах мемориального музея. Вдова Менделеева согласилась отсрочить уже запланированную продажу в пользу университета, однако деньги, которые должны были быть выделены Министерством народного просвещения, так и не поступили (видимо, ходатайство о выделении средств затерялось в пути). Тогда было принято решение, что «скромную» сумму (15000 рублей), запрошенную Анной Ивановной, возьмут из денежного фонда Отделения химии РФХО. С 10 февраля 1910 года обстановка кабинета и библиотека учёного временно перешли во владение Отделения химии, а уже через несколько месяцев оживилось Министерство народного просвещения, по распоряжению которого, наконец, были выделены нужные для покупки и ремонта помещений средства. Важен тот факт, что после 1910 года комната, в которой находился кабинет Менделеева, была включена в квартиру казначея университета, и по этой причине музей занял смежные с кабинетом комнаты. Помещения ремонтировались, и одновременно с этим обсуждалась возможность перекупки музея университетом у Отделения химии РФХО. Вопрос, наконец, был решён в феврале 1911 года.

Ремонт помещений завершился лишь к 21 сентября 1911 года, и с этого момента в музее-квартире проходили научно-экспозиционные работы. Торжественное открытие же состоялось 21 декабря, в первый день II Менделеевского съезда, и в час дня в университетской церкви, которая, кстати говоря, находится двумя этажами выше, прошла панихида по Дмитрию Ивановичу Менделееву и академику Николаю Николаевичу Бекетову, скончавшемуся 30 ноября. Вообще, две упомянутые мною фамилии связаны не только общей сферой деятельности, церковной службой, но и одной занимательной историей, которую я поведаю Вам немного позже.